Les tâches de secrétariat du Conseil sont confiées à un secrétaire général nommé par décret, qui assiste le président dans ses fonctions. À ce titre, il veille au bon fonctionnement du Conseil et à la gestion du personnel, conformément au mandat qui lui est confié par le président du Conseil.
En outre, le secrétaire général :
- Préparation des documents et pièces relatifs aux réunions du Conseil ;
- Secrétaire du Conseil ;
- Conserver et archiver les données, rapports, dossiers et archives du Conseil ;
- Contribuer à la coordination des travaux des commissions et groupes de travail créés au sein du Conseil et de l’Agence nationale d’évaluation du système éducatif, de la formation et de la recherche scientifique.
- Le secrétaire général participe également aux travaux du Conseil et à ceux de son bureau à titre consultatif.