يتوفر المجلس على أمانة عامة، تساعد الرئيس، وتسهر على السير الإداري للمؤسسة، وتعمل على توفير الدعم والوسائل اللازمة لفائدة جميع هيئاته وبنياته من أجل قيامها بمهامها، وإنجاز أعمالها.
يعهد بأعمال سكرتارية المجلس إلى أمين عام يُعيَّن بظهير، ويقوم علاوة على ذلك بـ:
- إعداد الوثائق والمستندات المتعلقة باجتماعات المجلس؛
- مسك محاضر المجلس؛
- مسك وحفظ بيانات وتقارير وملفات ومحفوظات المجلس؛
- المساهمة في تنسيق أشغال اللجان ومجموعات العمل الخاصة المحدثة لدى المجلس والهيئة الوطنية لتقييم منظومة التربية والتكوين والبحث العلمي.
- كما يشارك الأمين العام في أشغال المجلس وفي أشغال مكتبه بصفة استشارية.